Роден е на 25 юли 1866 г. в Одеса, Украйна. През 1888 г. завършва славянска филология в Новоросийския университет. През 1899 г. защитава докторат на тема „Синодик царя Борила“ в Харковския университет. От 1891 до 1917 г. е професор по славянска филология в Одеския университет. След болшевишката революция е принуден да емигрира и през 1919 г. се установява в България. От 1920 г. до края на живота си е редовен професор по история на руската литература при Катедрата по славянски литератури в Софийския университет. Член на Македонския научен институт (1936), Българския археологически институт (1938), Славянското дружество в България, чуждестранен член на Славянския институт в Прага (1934). Дописен (1923) и редовен член (1941) на Българската академия на науките. Умира в София на 30 март 1944 г.
Научните му интереси и изследвания са в областта на кирилометодиевистиката, старобългарската литература и литературата и историята на Българското възраждане, както и към проблеми, свързани с богомилството и антибогомилските съчинения. Сред най-значимите научни постижения на Попруженко са изготвените от него образцови издания на „Синодика на цар Борил“ (1928) и „Беседа против богомилите“ на Презвитер Козма (1936). Автор е на отделни публикации, свързани с глаголическата азбука и историята кирило-методиевските проучвания. Като член на Кирило-Методиевската комисия при БАН заедно със Ст. Романски съставя „Репертоар на кирилските извори за живота и дейността на Кирил и Методий“ (1935). Негов важен принос е допълнението и подготовката за печат на кирило-методиевската библиография на Г. Илински (1934) и издирването и издаването (отново заедно със Ст. Романски) на библиографски материали по кирилометодиевистика (1935, 1942). Научните му занимания, свързани с Българското Възраждане, са посветени на видни български и руски дейци на книжовността от тази епоха – Васил Априлов, Юрий Венелин, Найден Геров, Марин Дринов, Михаил Погодин и др. Негова заслуга е подготовката и публикуването на пълните събрани съчинения на Виктор И. Григорович (Одеса, 1916). Занимава се с историята на българските книжовни дейци, живели и работили в Русия по време на Възраждането, като отделя специално внимание на Одеса като център на българската емиграция и подготвя „История на България“, която обаче остава непубликувана.
