Проф. Петър Мутафчиев е известен български историк-медиевист и византолог.

Роден е на 4 юли 1883 г. в с. Боженци, Габровско. Завършва начално образование в Габрово, после учи в Плевен, а през 1901 г. завършва класическия отдел на Русенската гимназия. Впоследствие няколко години работи като учител. От 1906 до 1910 г. следва история и география в Софийския университет. От 1910 до 1920 г. е уредник на Средновековния отдел на Народния археологически музей. Междувременно взема участие в Балканската, Междусъюзническата и Първата световна война, като за военната си служба е награден с ордени за храброст.

След спечелен конкурс заминава да специализира византийска история и гръцка палеография в Мюнхенския университет (1920-1922). През 1923 г. е избран за редовен доцент по история на Източна Европа и Византия в Софийския университет. Чете лекции по история на Сърбия, Румъния и Османската империя до XVI в. (1923-1939), като паралелно с това води лекции по обща култура и социална история и българска история във Висшето военно училище (1924-1936). През 1927 г. става извънреден, а десет години по-късно и редовен професор в университета. От 1937 г. до смъртта си през 1943 г. завежда и Катедрата по история на източноевропейските народи. В периода 1936-1937 г. е декан на Историко-филологическия факултет. Редовен сътрудник на престижното мюнхенско издание “Byzantinische Zeitschrift” (1925-1941), главен редактор на списание „Просвета“  (1935-1943).

От 1929 г. е дописен, а от 1937 г. действителен член на БАН. Член-кореспондент на Славянския институт в Прага (1929), почетен член на Полското историческо дружество (1937), редовен член на Македонския научен институт (1938), почетен член на Научното дружество в Дебрецен, Унгария  (1938), член на Полската академия на науките (1939) и почетен доктор на Виенския университет (1943). През 1942 г. е избран за съпредседател на Комитета за българо-немски сътрудничество по издаване на османски документи. Автор е на редица изследвания с висока историческа стойност. Баща е на изтъкнатата българска историчка и писателка проф. Вера Мутафчиева.

Проф. Мутафчиев умира след кратко и тежко боледуване на 2 май 1943 г. в София.