Видният български възрожденски книжовник и обществен и политически деец Стоян Заимов е роден на 12 август 1953 г. в с. Рупките, Чирпанско. Първоначално учи в Чирпан и класното училище в Стара Загора (1867-1869). После завършва педагогически курс в Пловдив и е назначен за учител в българското мъжко училище в Хасково (1871-1873).
Стоян Заимов е един от основателите на Хасковския частен революционен комитет. През 1873 г. е осъден и заточен в Диарбекир. Следващата година успява да избяга в Румъния, където се сближава с местната българска емиграция и се включва в революционната й дейност.
Включва се в основаването на Гюргевския революционен комитет, който има за цел да подготви Априлското въстание от 1876 г. Избран е за главен апостол на Врачанския революционен окръг и затова в началото на годината се прехвърля в България. След потушаването на въстанието първо е осъден на смърт, а по-късно на доживотно заточение. След подписването на Санстефанския мирен договор е амнистиран и се връща обратно в родината.
През 1882 г. завършва Педагогическия институт в Москва и впоследствие работи като учител в Шумен, Варна, Кюстендил и София. През 1892 г. става председател на комитета, който трябва да събере средствата, необходими за изграждането на паметник на цар Александър II, както и на дом за българските ветерани, поборници и опълченци. От 1895 до 1898 г. е член на постоянния учебен комитет към Министерството на народното просвещение. Той е сред основателите и първите редактори на сп. „Училищен преглед“ (1896-1949). Директор на Народната библиотека в София (1903-1908). От 1908 г. е директор на Управлението на Военно-историческите къщи-музеи и паметници в Плевен.
Баща е на генерал-полковник Владимир Заимов.
Умира в Плевен на 9 септември 1932 г.
